まずは就業規則・賃金規程の写しを確保するとともに、タイムカードの写しを確保してください。これは裁判で有利な証拠として使用することが出来ます。
もっとも、これらの証拠が確保できなかったとしても諦めないでください。
弁護士が代理人として交渉をすれば多くのケースで任意の開示が得られますし、仮に頑なに開示を拒否する場合には、訴え提起前の証拠保全といって裁判手続きを使って証拠の保全をすることが出来る場合もあります。
これらの証拠を踏まえて残業代や未払い賃金の算定を行い、まずは裁判外交渉で早期解決を目指し、それでも解決しない場合には労働審判や通常訴訟を行いしっかりと残業代・未払い賃金の回収手続きを進める必要があります。